Entrée en 1777 dans la grande Loge de Genève, et s'étant placée en 1786 sous l'obédience du Grand Orient de France, la Loge La Triple Union des Quatre Nations, dont la loge Fidélité et Prudence possède les procès-verbaux à partir de 1806, se rattache en 1824 à la Grande Loge national de Berne et prend le 11 octobre 1834 le nom de La Prudence.

Elle travailla sous ce titre de 1834 au 19 octobre 1857, date à laquelle elle se fond dans la Loge Le Temple Unique, formée par l'union des Loges L'Amitié, La Prudence, l'Etoile du Léman, Les Trois Temples de Carouge; le Temple unique étant alors en pleine décadence, les frères qui fréquentaient encore la Loge décident d'abandonner le Temple Unique et de travailler sous le nom de La Prudence, ce qui eut lieu jusqu'en 1870.

Une Loge, La Fidélité, fondée en 1764 sous l'obédience de la Grande Loge de Londres, passe après plusieurs vicissitudes sous l'autorité du Grand Orient de France en 1801 ; elle se reconstitue le 14 janvier 1809. La Fidélité , dont la Loge Fidélité et Prudence est issue, fut fondée le 12 février 1842. La Loge reçoit une Constitution du Suprême Conseil de France, le 16 août 1844; elle est installée le 3 septembre de la même année par le comte Lepelletier d'Aulnay.

En 1851, elle passe au système rectifié et à la préfecture de l'Union des Coeurs ; le 15 janvier 1852, elle entre dans l'Alpina; le 18 mai 1857, elle revient au rite écossais ancien et accepté. Sa fusion avec le Temple Unique (qui provoqua chez elle une scission: les dissidents constituèrent un nouvel atelier  "Les Amis Fidèles" ) est annulée par l'Alpina, et elle travailla, indépendante, jusqu'en 1870.

Les deux Loges La Fidélité et La Prudence signent un traité d'union le 12 décembre 1870. La nouvelle Loge Fidélité et Prudence fut installée le 2 avril 1871 par le Frère Audéoud, délégué du Grand Maître Ruegg. Depuis cette époque, la Loge Fidélité et Prudence a joué un rôle de premier plan dans la Franc-Maçonnerie genevoise.